A franciaországi Brestbe szorult a Scharnhorst, a Gneisenau és a Prinz Eugen 1941/42 folyamán a RAF egyre súlyosabb támadásainak volt kitéve, félő volt hogy a britek előbb-utóbb elsüllyesztik őket. Raeder admirális ezért vissza akarta rendelni a hajókat Németországba, méghozzá a Dánia-szoroson át. Hitler azonban tartott tőle, hogy megismétlődik a Bismarck esete, és választás elé állította Raedert: a hajók vagy a La Manche-csatornán át térnek haza vagy pedig Brestben leszerelik őket. Így került sor a Cerberus fedőnevű „Csatorna-futamra”. 

A II. világháború első éveiben a német csatacirkálók, a Scharnhorst és a Gneisenau jelentették a legtöbb problémát a brit Admiralitás számára; a két hajó félelmetes erejű egységet alkotott. Amikor 1939 szeptemberében a német haditengerészet megkezdte háborús ténykedését, a legerősebb hadihajóknak a Scharnhorst és a Gneisenau csatacirkálók számítottak.

A Gneisenau-osztályú Scharnhorst egyik leghíresebb német hadihajó volt a II. világháborúban. A Kriegsmarine 31 500 tonnás csatacirkálója a második hajó, melyet Scharnhorst tábornokról neveztek el. Az első az SMS Scharnhorst páncélos cirkáló volt, amely a Falkland-szigeteknél vívott csatában süllyedt el 1914 decemberében, az I. világháború folyamán.

Az Atlanti-óceánon 1941. május 27-én süllyedt el a német haditengerészet büszkesége, a Bismarck csatahajó, amely első harci bevetésének kilencedik napján esett áldozatul a brit flottának. Az első német birodalmi kancellár nevét viselő hadihajó Bresttől 450 mérföldre, nyugatra merült a hullámsírba 1977 főnyi személyzetével, négy héttel azelőtt, hogy a III. Birodalom megtámadta a Szovjetuniót.

Az 1939-ben vízre bocsátott Bismarck és testvérhajója, a Tirpitz nemcsak a német flotta, hanem a kor legmodernebb, legütőképesebb egységeinek számítottak. Elkészültük idején a világ legnagyobb csatahajói voltak. Sebességük meghaladta a korabeli brit csatahajók csúcssebességét, fegyverzetük pedig olyan tűzerőt jelentett, amellyel akkoriban képesek lettek volna bármely atlanti hadszíntéren szolgáló csatahajó elsüllyesztésére. Pályafutásuk ennek ellenére igen rövid és tragikus volt.

Amíg a hagyományos méretű és osztályú német tengeralattjárók tevékenysége sikeres volt, és azok harcai Németország partjaitól gyakran több ezer kilométerre folytak, a haditengerészet vezetése folyamatosan elutasította hajógyárak egy-két személyes egységekről szóló terveit, nem mutattak érdeklődést a kis úszó egységek iránt.

A háború kezdetén a tengeralattjárók észlelésére alkalmas egyetlen általánosan használt eszköz a hidrofon, a víz alatti mikrofon volt, amellyel a víz alatt mozgó hajó által keltett hangokat lehetett észlelni. Veszély esetén a búvárnaszádok legénysége passzív védekezést alkalmazott, vagyis kikapcsolták a motorokat, lesüllyedtek a tengerfenékre ha az elég sekélyen volt, és teljes csendben maradtak.

A világháború kitörésekor a német tengeralattjárók rettegésben tartották az Atlanti-óceánon hajózó szövetségeseket, akik egyre újabb módszerekkel és eszközökkel próbáltak védekezni ellenük. A radaroktól a mélyvízi bombákig mindennek az volt a célja, hogy csökkentsék, majd megszüntessék az U-Bootok jelentette fenyegetést.

A korábban ismertetett XXI-es és XXIII-as új típusú tengeralattjárók mellett még számtalan megvalósulatlan terv is született Németországban – 1933-tól kezdve, egészen a háború végéig. A Kriegsmarine különféle tengeralattjáró-terveket rendelt meg speciális műveletekhez, vagy a már meglévő U-bootok teljesítményének javításához.

A tengeren vívott harc elsősorban a haditechnika harca volt. Ha az új német tengeralattjárók pár évvel korábban készülnek el, a szövetséges konvojok valóban drámai helyzetbe kerülhettek volna. De az atlanti-csatában bekövetkezett 1943-as fordulat már megmutatta az U-Bootwaffe gyengéit. A víz alá kényszerített német tengeralattjárók nem veszélyeztethették a szövetséges konvojokat, mert víz alatti sebességük a villanymotorok használata miatt lényegesen kisebb volt belső égésű motorjaikkal elért felszíni sebességüknél.