A Prinz Eugent 1938 augusztusában bocsátották vízre, a Kriegsmarine által az 1930-as években épített nehézcirkáló-hajóosztály harmadik tagjaként. 1941. április 23-án megrongálta egy mágneses bomba, de még időben sikerült megjavítani ahhoz, hogy bevetésre indulhasson az Atlanti-óceánra a Bismarckkal.

Május 24-én részt vett a Hood brit csatacirkáló elsüllyesztésében. Ezután a Prinz Eugen elvált a csatahajótól, és Franciaország atlanti-óceáni kikötői felé vette az irányt, így a Bis- marck sorsát elkerülve június 1-jén sértetlenül érkezett meg Brestbe. 1942. február 12-én a Scharnhorst és a Gneisenau csatacirkálókkal együtt részese volt a híres "Csatorna-fu- tamnak”. Ezután a flottakiképző hajóraj tagjaként a Balti-tengeren teljesített szolgálatot, 1944-ben pedig az előrenyomuló szovjet csapatokkal szemben a német haderő tüzérségi támogatásában vett részt. 1944. október 15-én súlyosan megrongálódott, miután össze- ütközött a Leipzig könnyűcirkálóval.

A II. világháború vége Koppenhágában érte, ahol legénysége május 9-én megadta magát a szövetségeseknek. Az Egyesült Államokba került, ahol 1946-ban célpontként használták a Bikini-atollnál végzett atombomba-kísérletek során. Roncsát végül amerikai hadihajók süllyesztették el a Kwajalein-atollnál 1947. november 15-én.

Testvérhajói: az Admiral Hipper, a Blücher (ezekhez képest módosított modell), az ex-Lützow (1940-ben félkészen eladták a Szovjetuniónak, ott a Petropavlovszk nevet kapta, de nem fejezték be), és a Seydlitz (szintén nem fejezték be).