1941 augusztusában a német hadsereg elérte Leningrádot. 1941. szeptember 8-án a német és a finn csapatok blokád alá vették a várost, és a Balti flotta fő bázisát — Kronstadtot. A német Északi Hadseregcsoport menetből próbálta elfoglalni Leningrádot, és megsemmisíteni az orosz flottát. Így a Balti-tenger „német beltengerré” vált volna, biztonságos tengeri és száraz- földi kapcsolatot létrehozva Skandináviával és a finn szövetségeseikkel.
A Balti Flotta és annak zászlóshajója, a Marat csatahajó fontos szerepet játszott Leningrád védelmében. A tengerészek számos erődítményt, több száz bunkert emeltek, amelyekhez tartalék páncéllemezeket használtak. Csak a Pulkovoi-fennsíkon több mint 200, hajóacéllal páncélozott tüzelőállást építettek.
A Marat csatahajó szeptember 9-től lőtte az előrenyomuló német csapatokat. A hajó tüzérsége volt az egyik fő tényező, amely nagymértében akadályozta a Wehrmacht csapatait: a blokád kezdetén a szovjet csatahajó a Tengeri-csatorna öblében horgonyozva lőtte a német állásokat.(A blokád első napjaiban a Marat 305 mm-es főlövegei 953 lövedéket lőtte ki az ellenségre.)
A Marat Spitheadben az 1937-es flottaszemlén
1941. szeptember 16-án a Luftwaffe támadást hajtott végre a Balti Flotta ellen, ennek során a fő célpontot, a Maratot négy 250 kg-os bomba találta el. Ezen kívül tíz 150 mm-es tüzérségi lövedék is eltalálta a szovjet zászlóshajót. 78 tengerész meghalt, illetve megse- besült. A csatahajón több kisebb sérülés mellett megsérült negyedik torony, a hátsó 76 mm-es légelhárító ágyúk és a 37 mm-es légelhárító ágyúk irányító-központja. Ez utóbbiak jelentősen meggyengítették a csatahajó légvédelmét.
A Marat első lövegtornya
Ezt követően a Marat saját erőből hajózott át Kronstadtba, és 18-án kikötött az Ust-Rogatka mólónál. A hajó megőrizte harcképességét, és főtüzérsége tovább lőtte az ellenséget. A Luftwaffe új tervet dolgozott ki a csatahajó megsemmisítésére, és 1000 kg-os RS-1000 páncéltörő bombákat szállítottak Németországból a tirkovói repülőtérre. Ezt követően szeptember 21-én, 22-én és 23-án a kronstadti hajók váltak a Luftwaffe táma- dásainak fő célpontjává. A Marat megmaradt légelhárító tüzérsége és Kronstadt gyenge légvédelme nem tudta visszaverni több Ju-87 csoport egyidejű támadását.
A Marat egyik 70-K 37 mm-es automata légvédelmi ágyúja
Szeptember 23-án 11 óra 44 perckor súlyos támadás érte a Maratot: az 1000 kg-os bom- ba a bal oldalának közelében csapódott be, a hatalmas hajó jobbra dőlt. Ugyanekkor egy másik 1000 kg-os páncéltörő bomba eltalálta a Marat orrát*. Áttörte a páncélt, és a hajó belsejében felrobbantotta az első lövegtorony alatti lőszerraktárt.
A hajóorr az első kéményig gyakorlatilag eltűnt, minden megsemmisült. A füstoszlop 1 km magasra emelkedett. 326 tengerész meghalt, köztük a hajó parancsnoka és komisz- szárja. A Maratba 10 ezer tonna víz ömlött és 11 méter mélységbe süllyedve leült a kikötő aljára — a szovjet flotta büszkesége megszűnt hadihajóként létezni.
Német légifelvétel a megsérült Marat csatahajóról
Az egyik szemtanú így emlékezett a katasztrófára:
Tisztán láttam, hogy a hatalmas előárboc létrákkal, fedélzetházakkal, hidakkal és emelvényekkel, fehér matrózegyenruhás alakokkal tele, lassan elválik a hajótól, és nem túl gyorsan oldalra dől, majd darabokra szakad és egy csapással a vízbe zuhan... Közvetlenül az árboc alatt a lövegtorony is lassan emelkedett, három 12 colos lövege leszakad és szintén a vízbe repül. Az öböl forrni látszott a beledobott vörösen izzó acéltömegtől...
Végül sikerült megakadályozni a teljes hajótér elárasztását, így a csatahajó nem süllyedt el teljesen. Hamarosan megkezdődtek a helyreállítási munkálatok. 1941. október végén kiemelték, és betonnal vízhatlanná tették, az ellenséges tüzérségi tűz és légitámadások ellen a fedélzetre 32–45 cm vastag gránitlapokat helyeztek, a kazánházat pedig páncél- lemezekkel erősítették meg.
Az előárboc egy része, amelyet a robbanás ereje hajított le a hajóról.
Marat, már úszó ütegállásként
A 3-as, 4-es torony működőképes maradt, a 2-es tornyot pedig november elején tették üzemképessé. A hajót ezután úszó ütegállásként használták előbb 357, majd 500 főnnyi legénységgel; továbbra is a Leningrádot ostromló német csapatokat lőtték vele. Az 1943. május 31-én Petropavlovskra visszakeresztelt hajót az ostrom befejezése után Leningrád- ba vontatták, ott álló iskolahajóként szolgált tovább.
*A források szerint Hans-Ulrich Rudel (1916-1982), a világháború legeredményesebb német zuhanóbombázó-pilótája süllyesztette el a csatahajót.